Wojskowe Zakłady Lotnicze Nr 2 w Bydgoszczy powstały na zrębie 817 Ruchomych Warsztatów Polowych, które w 1945 r. stacjonowały w mieście. Przemianowane na Lotnicze Warsztaty nr 1 (1946 r.), początkowo świadczyły usługi przeglądów silników, łatania postrzelin i naprawy płatowców samolotów. W warsztatach remontowano poniemieckie samoloty Heinkel He-72 "Kadett" i Focke-Wulf Fw-44 "Stieglitz". Następnie z powodzeniem wykonywały modernizacje i remonty samolotów odrzutowych. Kolejna nazwa, Lotnicze Zakłady Remontowe Nr 2, przetrwała do 1982 r., kiedy to zmieniono ją na Wojskowe Zakłady Lotnicze Nr 2. Wykonywano remonty samolotów Polikarpow Po-2, Jakowlew Jak 3 i Jakowlew Jak-9 oraz Iljuszyn Ił-2.

Potrzebę posiadania samolotów szkolno-bojowych, stosowanych przed przejściem na samoloty bojowe, zaspokojono przez uruchomienie w Lotniczych Zakładach Remontowych Nr 2 w Bydgoszczy seryjnych przeróbek starszych egzemplarzy samolotów bojowych na dwustery przejściowe. Prace prowadzono w latach 1947-1952 dostarczając wojsku ok. 100 egz. dwusterowych Jakowlew Jak-9W, Iljuszyn UIł-2 i Petlakow UPe-2. Przystąpiono również do remontów samolotów Tupolew Tu-2 i Suchoj UTB.

W ciągu pół wieku w zakładach remontowane były niemal wszystkie typy samolotów bojowych używanych w polskim lotnictwie takie jak: MiG-15/UT MiG-15, MiG-17, Lim-1/Lim-2 i SB Lim-2. Z usług przedsiębiorstwa korzystali także odbiorcy z Syrii, Egiptu, Niemieckiej Republiki Demokratycznej (MiG-15, MiG-17) i Republiki Federalnej Niemiec (Su-22M4) oraz Indii (PZL TS-11 "Iskra"). Eksploatacja Lim-1 i Lim-2 w polskich jednostkach lotniczych pokazała, że zapotrzebowanie na maszyny szkolno-bojowe jest znaczne i z tego powodu w Lotniczych Zakładach Remontowych Nr 2 (LZR-2) w Bydgoszczy rozpoczęto przerabianie Lim-1 na SBLim-1 (SB- szkolno-bojowy). W latach 1957-1960 dostarczono ok. 200 egz. Powstało kilka wersji i odmian, m.in. z silnikami o większym ciągu z samolotów Lim-2, obserwacyjna Art. Na początku lat 1970-tych przebudowano 25 samolotów myśliwskich Lim-5P na wersję myśliwsko-szturmową Lim-6M. W 1990 r. planowano podjęcie przebudowy samolotów Douglas DC-3 do standardu  Basler  BT-67.

Na początku lat 2000-nych głównym obszarem działania WZL Nr 2 pozostawała naprawa, obsługa i modernizacja wojskowych statków powietrznych na rzecz Polskich Sił Powietrznych oraz zagranicznych użytkowników samolotów wojskowych, w których naprawach zakład specjalizował się (Mikojan MiG-29 Suchoj Su-22, PZL TS-11 "Iskra"). Prowadzone były prace związane z doposażeniem samolotów bojowych. Dostosowanie samolotów używanych w Polsce do standardów NATO wymagało doposażenia ich w nowe systemy nawigacji obszarowej typu TACAN, GPS i systemu lądowania VOR/ILS oraz ich zintegrowanie z pokładowym systemem celowniczo-nawigacyjnym samolotów MiG-29 i Su-22.

Jednak ilość eksploatowanych samolotów wojskowych w dającej się przewidzieć perspektywie będzie się wyłącznie zmniejszać, zaś postęp technologiczny powoduje, że częstotliwość obsług i napraw ulegać będzie ograniczeniu. Świadomość tego spowodowała, że kierownictwo przedsiębiorstwa postanowiło rozszerzyć zakres usług dla rynku cywilnych statków powietrznych. Dlatego WZL Nr 2 przystąpiło do produkcji samolotów ultralekkich. W latach 1994-1995 prowadzona była budowa samolotu AT-2, ostatecznie samolot został ukończony jednak w pomieszczeniach Instytutu Lotnictwa. W ramach umowy kompensacyjnej związanej z zakupem samolotu wielozadaniowego zakłady przejęły naprawy samolotów Beech "King Air 90" i Beech "King Air 100".

W maju 2001 r. WZL nr 2 i izraelska firma IAI Lahav Division podpisały porozumienie o przygotowaniu demonstratora modernizacji samolotu Su-22M4. Propozycja adresowana była do Wojsk Lotniczych Obrony Powietrznej. Modernizacja miała na celu zmianę jego wyposażenia, pozwalającą na zwiększenie zdolności bojowych, umożliwiających wykonywanie misji w każdych warunkach atmosferycznych. Demonstrator modernizacji (wypożyczony z lotnictwa egzemplarz Su-22M4) był prezentowany we wrześniu 2001 r. na targach MSPO w Kielcach. Polskie lotnictwo z oferty jednak nie skorzystało. W 2006 r., po pięciu latach rozmów z potencjalnymi klientami, podpisano kontrakt na modernizację samolotów Su-22M4 lotnictwa wojskowego Angoli. Celem przeprowadzonej modernizacji miało być zwiększenie precyzji wykorzystania środków bojowych. Znów do współpracy zaproszono firmę z Izraela. Przebudowa samolotów kontrahenta została wykonana w hangarze obsługi technicznej na lotnisku wojskowym należącym do właściciela samolotów. Niestety, brak jest informacji o liczbie przebudowanych maszyn (podobno kilka).

Na bazie samolotu sportowego Sonex Aircraft "Sonex" opracowano w Instytucie Technicznym Wojsk Lotniczych i wykonano w kooperacji z Wojskowymi Zakładami Lotniczymi Nr 2 S.A. w Bydgoszczy i Polskimi Zakładami Lotniczymi Mielec Sp. z o.o., samolot doświadczalny-latające laboratorium "Sonex LL". Prawdopodobnie w 2014 r. zostały oblatane bezzałogowe rozpoznawcze statki powietrzne: samolot "Drozd" oraz quadrocopter "Sowa".

Konstrukcje:
SBLim-1, samolot szkolno-bojowy, rozpoznawczy.
SBLim-2, 1966, samolot szkolno-bojowy, rozpoznawczy.
Lim-6M, 1971, samolot myśliwski, szturmowy, rozpoznawczy.
AT-2, 1995, samolot sportowy.
Sonex Aircraft "Sonex LL", 2009, samolot doświadczalny.
WZL nr 2 "Sowa", ok. 2014, bezzałogowy rozpoznawczy aparat latający w układzie quadrocoptera.
WZL nr 2 "Drozd", ok. 2014, bezzałogowy rozpoznawczy aparat latający.