Rozwój wersji myśliwskiej Junkers Ju-88 rozpoczął się latem 1939 r. gdy przebudowano prototyp wersji bombowej Ju-88 V7 na prototyp wersji myśliwskiej. W prawej przedniej części kadłuba zamontowano baterię 3 karabinów maszynowych MG 17 kal. 7,92 mm oraz działko MG FF/M kal. 20 mm. Załoga została zredukowana do trzech osób. Wszystkie te zmiany zaowocowały powiększeniem się prędkości max o 25 km/h. W pierwszej połowie 1940 r. oblatano dwa prototypy Ju-88 V15 (Ju-88Z-15) oraz V19 (Z-19). Maszyny te posiadały nowy całkowicie metalowy, aerodynamicznie ukształtowany przód kadłuba mieszczący identyczne uzbrojenie jak w samolocie Ju-88 V7. W czerwcu 1940 r. Ju-88Z-19 otrzymał dodatkowe działko MG 151 kal. 15 mm. Pierwszą wersją seryjną miał być Ju-88C-1 będący przebudowaną wersją samolotu Junkers Ju-88A-1 z uzbrojeniem zainstalowanym na stanowisku bombardiera oraz z pozostawieniem oszklonego nosa kadłuba. Wariant ten pozostał w projekcie.

Opracowano szereg wersji rozwojowych:
- Ju-88C-2- samolot myśliwski, pierwsza wersja seryjna. Oparta została na prototypach V15 i V19. Posiadała aerodynamicznie ukształtowany nos, mieszczący uzbrojenie strzeleckie, złożone z 3 karabinów maszynowych MG 17 kal. 7,92 mm i 1 działka MG FF kal. 20 mm lub działka MG 151 kal. 15 mm. Napędzany silnikami Junkers Jumo 211B-1 samolot osiągał prędkość max 475 km/h, zasięg wynosił 1820 km. Ju 88C-2 wykonywały patrole morskie i atakowały statki alianckie. Od połowy maja 1940 r. RAF rozpoczął nocne naloty na miasta Zagłębia Ruhry co spowodowało rozbudowę nocnych jednostek myśliwskich Luftwaffe. Samoloty Ju-88C-2 wykonywały loty nad Wyspy Brytyjskie patrolując i przechwytując bombowce RAF nad ich własnymi bazami. Przez 1941 r. wyprodukowanych zostało tylko 66 egz. Ju-88C,
- Ju-88C-3- wersja myśliwska, nie produkowana seryjnie. Miał to być samolot napędzany silnikami gwiazdowymi BMW 801 MA o mocy startowej 1176 kW (1600 KM) oparty na płatowcu Ju-88C-2,
- Ju-88C-4- wersja myśliwska, produkowana seryjnie. Uzbrojenie- 3 karabiny maszynowe MG 17 i działko MG FF lub MG FFM w nosie kadłuba oraz 2 dodatkowe działka MG FF strzelające do przodu, umieszczone w wannie podkadłubowej. Część Ju-88C-4 posiadała w tylnym stanowisku strzeleckim pojedynczy MG 15, w warunkach polowych często montowano podwójne stanowisko z 2 MG 15 lub MG 81I. Pierwsze samoloty napędzane były silnikami Junkers Jumo 211F-1 o mocy max 1029 kW (1400 KM) każdy, później stosowano silniki Junkers Jumo 211J-1 o mocy max 1036 kW (1410 KM). Istniała możliwość wymontowywania kadłubowego działka MG FF i instalowania w to miejsce dwóch kamer fotograficznych Robot Rb 50/30 i Rb 20/30,
- Ju-88C-5- wyposażona w silniki gwiazdowe BMW 801D-2 o mocy startowej 1250 kW (1700 KM). Podkadłubowa gondola została zdemontowana. W środkowej części kadłuba było montowane wybrzuszenie w kształcie kropli, mieszczące 2 stałe karabiny maszynowe MG 17 kal. 7,92 mm. W nosie kadłuba mieściło się uzbrojenie, złożone z 3 karabinów maszynowych MG 17 kal. 7,92 mm oraz 1 działka MG 151 kal. 20 mm. Jako uzbrojenie obronne przewidziano 1 ruchomy karabin maszynowy MG 17 kal. 7,92 mm na tylnym stanowisku strzeleckim. Prędkość max- 570 km/h, pułap praktyczny- 9500 m, masa startowa- 11600 kg. Zbudowano tylko 10 egz.,
- Ju-88C-6- wersja myśliwska produkowana od 1942 r. Jego uzbrojenie było identyczne z wariantem C-4. Napędzana silnikami Junkers Jumo 211J-1 lub J-2. Uzbrojenie obronne- 1 lub 2 karabiny maszynowe MG 81J na tylnym górnym stanowisku strzeleckim oraz 1 zdwojony karabin maszynowy MG 81Z lub karabin maszynowy MG 15 kal. 7,92 mm lub karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm w dolnym tylnym stanowisku strzeleckim. Podobnie jak Ju-88C-2 i C-4, samolot Ju-88C-6 mógł przenosić 500 kg bomb lub dodatkowe zbiorniki paliwa. Ju-88C-6 produkowane były w trzech wariantach:
- Ju-88C-6a- dzienny samolot niszczycielski,
- Ju-88C-6b- nocny myśliwiec z radarem FuG 212 Lichtenstein C-1,
- Ju-88C-6c- nocny myśliwiec z radarem FuG 220 Lichtenstein SN-2, niektóre maszyny posiadały też radary FuG 227 Flensburg i FuG 350 Naxos. Większość produkowanych Ju-88C-6c otrzymała jako standardowe uzbrojenie 2 działka MG 151 kal. 20 mm umieszczone w kadłubie w systemie Schräge Musik (działka nachylone pod kątem 70-80° umożliwiały atak z dolnej półsfery). Ju-88C-6 był wyposażony w komplet aparatury radiowej: FuG 101, FuG 25a, FuBl 2,
- Ju-88C-7- dzienny samolot bombowo-myśliwski lub wersja o poprawionej aerodynamice. Inna hipoteza głosi, że Ju-88C-7 był wyposażony podobnie jak Ju-88 C-5 w gondolę podkadłbową z 2 działkami MG FF kal. 20 mm i karabinami maszynowymi MG 17. Wyprodukowano tylko kilka egz. Samolot posiadał trzy warianty:
- Ju-88C-7a- pozbawiony podkadłubowej gondoli, w jej miejscu znajdowało się wybrzuszenie z 2 działkami MG FF/M kal. 20 mm, w przodzie kadłuba mieściło się uzbrojenie- 3 karabiny maszynowe MG 17 oraz 1 działko MG FF/M, udźwig bomb- 500 kg. Napęd stanowiły silniki Junkers Jumo 211 J-1 lub J-2,
- Ju-88C-7b- identyczny z Ju 88C-7a, dodatkowo posiadał pod centropłatem wyrzutniki ETC umożliwiające zwiększenie ładunku bombowego do 1500 kg,
- Ju-88C-7c- napędzany silnikami gwiazdowymi BMW 801 MA, kadłubowe MG FF/M zastąpione miały zostać przez działka MG 151 kal. 20 mm.

Z 257 wyprodukowanych w 1942 r. Ju-88C większość ukończona została w wariancie C-6a i trafiła do jednostek myśliwskich. Od końca 1942 r. używane były w Bitwie o Atlantyk. Również operujące na froncie wschodnim pułki bombowe otrzymały w końcu 1942 r. eskadry myśliwskie. Były one używane szczególnie do zwalczania rosyjskich transportów kolejowych. Ju-88C-6a operowały były również z terytorium Grecji. Od początku 1943 roku również niemieckie lotnictwo myśliwskie nocne rozpoczęło otrzymywać coraz więcej Ju-88C-6.

W początkach (wg [4]- w połowie) 1940 r. konstruktorzy firmy Junkers rozpoczęli prace nad wersją rozpoznawczą Junkers Ju-88D. W międzyczasie zaadaptowano produkowane wersje bombowe Ju-88A-1 i A-5 do celów rozpoznawczych. Adaptacja polegała na usunięciu wyposażenia bombowego i zainstalowaniu w tylnej komorze bombowej trzech kamer. Samoloty te otrzymały oznaczenie Ju-88A-(F) i Ju-88A-5(F). Używano ich do lotów nad Wyspami Brytyjskimi na początku lata 1940 r. Od połowy 1940 roku rozpoczęła się seryjna produkcja wersji rozpoznawczej Ju-88D:
- Ju-88D-0- seria próbna oparta o płatowiec Ju-88A-5, dostarczona latem 1940 r. Samoloty otrzymały po jednej kamerze Rb 70/30 i Rb 50/30, obie przeznaczone były do wykonywania zdjęć z dużej wysokości oraz Rb 20/30 do robienia zdjęć z niskiego pułapu,
- Ju-88D-2- wskutek opóźnienia z rozpoczęciem produkcji silników Junkers Jumo 211J przewidzianych jako jednostka napędowa wariantu Ju-88D-1, jako pierwszy pojawił się Ju-88D-2 napędzany silnikami Junkers Jumo 211G-1 lub H-1. Maszyny te zachowały zewnętrzne wyrzutniki ETC, które wykorzystywano jako zaczepy odrzucanych w locie dodatkowych zbiorników paliwa. Uzbrojenie zredukowano do 3 karabinów maszynowych MG 15 kal. 7,92 mm - Ju-88D-1- wersja oparta o płatowiec Ju-88A-4 i napędzana silnikami Junkers Jumo 211J-1. Produkcja rozpoczęła się w początkach 1941 r. Samoloty mogły przenosić pełen ładunek bomb bądź dodatkowych zbiorników z paliwem identyczny jak Ju-88A-4. Była to najliczniej produkowana wersja rozpoznawcza,
- Ju-88D-3 (Ju-88D-1/Trop)- wersja tropikalna przeznaczona do służby w Afryce Północnej,
- Ju-88D-4 (Ju-88D-2/Trop)- wersja tropikalna przeznaczona do służby w Afryce Północnej,
- Ju-88D-5- wersja wyposażona w trzy (wg [4]- dwie) kamery, wyposażenie tropikalne oraz silniki Junkers Jumo 211G lub J (wg [4]- H), produkowana równolegle z wersją D-1.

Wersja Junkers Ju-88E nie była produkowana seryjnie. Istniał tylko jeden samolot przebudowany z Junkers Ju-88B-0 i oznaczony początkowo Ju-88 V27, a następnie Ju-88E-0. Samolot ten napędzany był silnikami BMW 801 C, uzbrojenie tworzyły 3 karabiny maszynowe MG 131 kal. 13 mm- jeden w tylnym, górnym stanowisku strzeleckim, drugi w oszklonym nosie kadłuba, a trzeci w obrotowej wieżyczce, umieszczonej na górze osłony kabiny, oraz w jeden zdwojony karabin maszynowy MG 81Z zainstalowany w tylnej części gondoli podkadłubowej.

Nie zrealizowany projekt wersji rozpoznawczo-bombowej Ju-88F-1 opartej na samolocie Ju-88A-4 lecz z pełnym wyposażeniem rozpoznawczym jak w Ju-88D-1.

W czerwcu 1943 r. oblatany został prototyp wersji myśliwskiej Ju-88G noszący oznaczenie Ju-88 V58. Samolot został oparty o płatowiec Ju-88R-2 pozbawiony gondoli podkadłubowej. Napęd stanowiły silniki BMW 801D o mocy max 1250 kW (1700 KM) każdy. Usterzenie pochodziło z samolotu Ju-188. Uzbrojenie składało się z 4 działek MG 151 kal. 20 mm umieszczonych pod kadłubem oraz 2 działek tego samego typu w nosie kadłuba. Do obrony służył 1 karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm w tylnym, górnym stanowisku strzeleckim. Wersje rozwojowe:
- Ju-88G-1- pierwsza wersja seryjna. Płatowiec oparty został całkowicie na prototypie V58. Jako wyposażenie radarowe stosowano radar FuG 220 Lichtenstein SN-2. Wymontowane zostały 2 działka MG 151, mieszczące się w nosie kadłuba. Niektóre samoloty wyposażono w urządzenia do cięcia lin balonów zaporowych. Samoloty te posiadały również urządzenia FuG 227 Flensburg, wykrywające emisje brytyjskich radarów pokładowych Monica. Pewna liczba posiadała uzbrojenie Schräge Musik. Na zaczepach podskrzydłowych ETC 500 mogły być podwieszane dodatkowe zbiorniki z paliwem,
- Ju-88G-2 i Ju-88G-3- wersje nie produkowane seryjnie. Zbudowano tylko ich prototypy: Ju-88G-2 czyli Ju-88 V106 oraz Ju-88G-3 czyli Ju-88 V107 z silnikami rzędowymi Daimler-Benz DB 603E,
- Ju-88G-4- oparty na płatowcu wersji G-1. Różnił się tylko awioniką oraz standartowym zabudowaniem 2 działek MG 151 kal. 20 mm jako Schräge Musik. Wyprodukowana w niewielkiej serii (wg [4]- jedynie prototypy),
- Ju-88G-5- pozostał w formie prototypu,
- Ju-88G-6- napędzana silnikami rzędowymi Junkers Jumo 213A o mocy max 1286 kW (1750 KM). Posiadała 2 działka MG 151 kal. 20 mm instalowane jako Schräge Musik. W tylnym stanowisku umieszczony był MG 131. Wyposażone w różne typy radarów: FuG 220 Lichtenstein SN-2, FuG 218 Neptun, FuG 350 Naxos Z, najnowocześniejszym radarem był FuG 240 Berlin (zbudowano go jednak w małej ilości i najwyżej 10-15 samolotów Ju-88G-6 otrzymało go przed końcem wojny). Samolot posiadał dwa zaczepy ETC 500 pod skrzydłami, radiostację FuG 16 ZY, pod lewym skrzydłem umieszczono antenę radaru osłony tylnej półsfery FuG 217. Wersja budowana w dużych ilościach,
- Ju-88G-7- wersja rozwojowa Ju-88G-6, napędzana silnikami Junkers Jumo 213E wyposażonymi w instalacje wtrysku wody z metanolem MW 50 o mocy 1286 kW (1750 KM). Uzbrojenie zbliżone do Ju-88G-6. Wyposażenie radarowe składało się z radaru FuG 220 SN-2 lub radaru FuG 240 Berlin. Załogę stanowiły trzy lub cztery osoby. Zbudowane zostały jedynie cztery prototypy (Ju-88 V112 do V114),
- Ju-88G-8 i Ju-88G-9- niektóre źródła wskazują, że prowadzono prace nad wersjami Ju-88G-8 i G-9, będącymi rozwinięciem Ju-88G-6. Brak bliższych informacji na temat tych wersji,
- Ju-88G-10- wersja zbudowana wiosną 1945 r. w małej serii z przeznaczeniem jako część zespołu Mistel.

W końcu (wg [4]- wiosną) 1942 r. rozpoczęto prace nad samolotem dalekiego zasięgu Junkers Ju-88H, zdolnym do prowadzenia długodystansowych lotów nad Atlantykiem. Samolot oparty został na płatowcu Ju-88D-1. Zwiększono ilość paliwa w zbiornikach wewnętrznych, dodatkowo można było podczepiać pod skrzydłami dwa odrzucane zbiorniki o łącznej pojemności 1800 dm³, co zapewniało zasięg 5150 km. Gondola podkadłubowa została zdemontowana oraz zmniejszono załogę do trzech osób. Napęd samolotu tworzyły dwa silniki gwiazdowe BMW 801D-2. Prototypami tej wersji były Ju-88 V89 i V90. Wyprodukowanych 20 samolotów wersji H, po 10 z każdego wariantu:
- Ju-88H-1- samolot bombowo-rozpoznawczy z radarem FuG 200 Hohentwiel oraz trzema kamerami w kadłubie. Uzbrojenie składało się ze zdwojonego karabinu maszynowego MG 81Z (wg [4]- dwa pojedyncze MG 81) kal. 7,92 mm umieszczonego w podkadłubowym zasobniku oraz z 2 karabinów maszynowych MG 81J kal. 7,92 mm (jeden w wiatrochronie a drugi z tyłu kabiny),
- Ju-88H-2- samolot myśliwski dalekiego zasięgu pozbawiony radaru i kamer fotograficznych. Przód kadłuba był całkowicie metalowy z zabudowaną parą działek MG 151 kal. 20 mm. Pod kadłubem mieścił się zasobnik mieszczący dodatkowe 4 działka MG 151.
Oba te warianty wzięły udział w bitwie o Atlantyk. Wariantami rozwojowymi miały być Ju-88H-3 i H-4. Samoloty te były dłuższe i posiadały silniki rzędowe Junkers Jumo 213A-12, z wtryskiem metanolu z wodą (MW 50), o mocy max 1306 kW (1776 KM). Ju-88H-3 miał być samolotem bombowo-rozpoznawczym, a H-4 myśliwskim, nie wyszły poza stadium projektu. Wg [4]- wersja Ju-88H-4 był to samolot bombowy dalekiego zasięgu, posiadający własną osłonę myśliwską w postaci Focke-Wulf Fw-190A-8 mocowanego na kadłubie podobnie jak w zespole Mistel.

Powstał również projekt ciężkiego samolotu myśliwskiego Ju-88J-1, oparty na Ju-88A-4, lecz napędzanego silnikami gwiazdowymi BMW 801D. Wersja Ju-88Q-1- projekt nocnego myśliwca, wyposażonego w radar FuG 220 SN-2 i napędzanego silnikami BMW 801G.

Sytuacja na froncie wschodnim, gdzie jednostki Wehrmachtu stanęły wobec ilościowej przewagi radzieckiej broni pancernej zmusiła dowództwo niemieckie do znalezienia skutecznych metod zwalczania radzieckich czołgów. Jedną z tych metod było zastosowanie samolotu-niszczyciela czołgów. Pierwsze próby samolotu Ju-88A-4 wyposażonego w armatę czołgową KwK 39L50 kal. 75 mm i oznaczonego Ju-88PV1 odbyły się latem 1942 r. Armata zainstalowana została w specjalnej gondoli pod kadłubem. Podczas prób armata KwK 39L50 zastąpiona została przez działko BK 7,5 cm kal. 75 mm. Wersje rozwojowe:
- Ju-88P-1- wersja seryjna (prototyp Ju-88 V54 został oblatany w 1942 r.) różniąca się od prototypu całkowicie metalowym przodem kadłuba. Główne uzbrojenie stanowiło działo BK 7,5 cm. Pilot dysponował ponadto stałym karabinem maszynowym MG 81J kal. 7,92 mm, służącym do wstrzeliwania się w cel. Do obrony własnej stosowano 2 zdwojone karabiny maszynowe MG 81Z kal. 7,92 mm na górnym i dolnym, tylnych stanowiskach strzeleckich. Napęd stanowiły silniki Junkers Jumo 211J-2. Do walki weszły w 1943 r.,
- Ju-88P-2- wersja powstała z przebudowy z płatowców Ju-88A-4, zbudowano niewielką ilości. Zamiast działa BK 7,5 cm posiadał on znacznie mniejszą gondolę podkadłubową, mieszczącą 2 działka BK 3,7 cm kal. 37 mm. Stosowano pociski z rdzeniem wolframowym, które przebijały pancerz wszystkich czołgów sowieckich. Z tyłu gondoli znajdowało się stanowisko zdwojonego karabinu maszynowego MG 81Z, a w górnym stanowisku strzeleckim dwa MG 81I. Samoloty te miały być używane również do zwalczania formacji samolotów amerykańskich Boeing B-17 ”Flying Fortress” i Consolidted-Vultee B-24 ”Liberator”, ale z powodu swej małej prędkości i zwrotności nie nadawały się do tego celu,
- Ju-88P-3- posiadała identyczne uzbrojenie jak P-2, otrzymała dodatkowe opancerzenie kabiny załogi,
- Ju-88P-4- w 1944 r. wyprodukowano 32 egz. uzbrojone w pojedyncze działko BK 5,0 cm kal. 50 mm. W tylnym, górnym stanowisku strzeleckim montowany był karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm.

Wersja Ju-88R była nocną wersją myśliwską, bazującą na płatowcu Ju-88C-6. Budowana w wariantach:
- Ju-88R-1- z silnikami gwiazdowymi BMW 801MA o mocy 1176 kW (1600 KM). Posiadały podobne uzbrojenie jak Ju-88C-6. Zamiast MG 81 stosowano karabiny maszynowe MG 131. Niektóre egzemplarze wyposażone były w zestawy uzbrojenia Schräge Musik. Wyposażenie radarowe stanowiły FuG 202 Lichtenstein BC i FuG 212 Lichtenstein C-l,
- Ju-88R-2- z silnikami gwiazdowymi BMW 801D o mocy 1250 kW (1700 KM). Posiadały radar FuG 202 Lichtenstein BC i FuG 212 Lichtenstein C-22. Dodatkowe wyposażeniu stanowiło urządzenie IFF typu FuG 25 i radiostacja FuG 16 ZY. Produkcja Ju-88R-2 została zakończona na początku 1944 r.

W połowie 1942 r. RLM zażądało dokonania modyfikacji standardowego samolotu bombowego Ju-88A-4. W dniu 1.11.1943 r. został oblatany prototyp Ju-88SV1 (lub Ju-88 V93) nowej wersji bombowej Ju-88S. Zastosowano silniki gwiazdowe BMW 801D. W celu poprawy aerodynamiki zdemontowano hamulce aerodynamiczne, urządzenie do automatycznego wyprowadzania samolotu z lotu nurkowego oraz zewnętrzne podskrzydłowe wyrzutniki bombowe ETC. Uzbrojenie zredukowano do 1 karabinu maszynowego MG 81J kal. 7,92 mm z prawej strony wiatrochronu, 1 karabinu maszynowego MG 131 kal. 13 mm w tylnym górnym stanowisku strzeleckim oraz zdwojonego karabinu maszynowego MG 81Z kal. 7,92 mm w dolnej, tylnej części gondoli podkadłubowej. Wersje rozwojowe:
- Ju-88S-0- seria informacyjna. Latem 1943 r. wyprodukowano niewielką liczbę. Samoloty osiągały prędkość 535 km/h,
- Ju-88S-1- aby zwiększyć prędkość max zastosowano silniki BMW 801G-2 z urządzeniem GM 1 (wtrysk podtlenku azotu) umożliwiającym wzrost mocy silnika o przeszło 20%. Usunięto gondolę podkadłubową i zmniejszono liczbę członków załogi do trzech. Usunięto większość opancerzenia, uzbrojenie obronne zredukowano do pojedynczego karabinu maszynowego MG 131 kal. 13 mm w tylnej kabinie. Prędkość max (z włączonym urządzeniem GM 1) wzrosła do 610 km/h. Samoloty trafiły do jednostek bombowych Luftwaffe na przełomie lat 1943/1944. Wyposażenie radarowe: FuG 217 Neptun R-1 ostrzegający o opromieniowaniu maszyny przez wiązkę radarową samolotu nieprzyjaciela. Wyposażenie radiowe- urządzenie identyfikacyjne FuG 25, radiowysokościomierz FuG 101 oraz radiostacja FuG 16ZY,
- Ju-88S-2- wersja posiadająca powiększoną komorę bombową. Napęd stanowiły silniki BMW 801TJ z turbosprężarką o mocy max 1330 kW (1810 KM). Uzbrojenie uzupełnione zostało o 2 stałe karabiny maszynowe MG 81J kal. 7,92 mm umieszczone w tylnej części komory bombowej. Wiosną 1944 r. wyprodukowano niewielką ilość tej wersji,
- Ju-88S-3- wersja oparta o płatowiec Ju-88S-1. Otrzymał silniki rzędowe Junkers Jumo 213A o mocy max 1306 kW (1776 KM) a z urządzeniem GM 1- 1562 kW (2125 KM) lub na krótki czas nawet 1691 kW (2300 KM)! Prędkość max wzrastała wówczas do 615 (wg [4]- 621) km/h. Produkowana w małej ilości,
- Ju-88S-4- projekt samolotu napędzanego silnikami Jumo 213 z powiększoną komorą bombową,
- Ju-88S-5- samolot Ju-88S-3 wyposażony w sprężarkę TK 11, mający osiągać pułap 11000 m. Prototyp, oznaczony Ju-88V93, oblatano 1.11.1943 r.

Wraz z bombowym wariantem Ju-88S budowano tez jego odmianę rozpoznawczą Ju-88T. Wariant rozpoznawczy samolotu Ju-88S-1 otrzymał symbol Ju-88T-1. Samoloty posiadały instalacje GM 1. Zwiększono zapas paliwa. Pod skrzydłami istniała możliwość podwieszenia na wyrzutnikach ETC dwóch dodatkowych, odrzucanych zbiorników paliwa. W tylnej części kadłuba mieściły się dwie albo trzy kamery typu Rb 20/30, Rb 50/30 lub Rb 70/30. Uzbrojenie składało się z 1 karabinu maszynowego MG 131 kal. 13 mm na tylnym, górnym stanowisku strzeleckim. W jednostkach bojowych często instalowano w zamian 2 pojedyncze karabiny maszynowe MG 81Z montowane tak jak w samolocie Ju-88A-4. Ju-88T-3 był rozpoznawczym wariantem Ju-88S-3, osiągał z włączoną instalacją GM 1 prędkość max 660 km/h!

Ogólna liczba wyprodukowanych samolotów Junkers Ju-88 wyniosła 14676 egz.

Samoloty Junkers Ju-88 były używane także jako latające bomby zespołu niszczycielskiego Mistel. 17.07.1942 r. przedstawiono założenia takiego zespołu niszczycielskiego. Samolotem kierującym był jednosilnikowy myśliwiec. W samolocie Ju-88 znajdował się ładunek wybuchowy (1100-1500 kg). Samolot Ju-88 w ostatniej fazie lotu kierowany był droga radiową z samolotu pilotującego, który oddzielał się od Ju-88. W 1943 r. złożono zamówienie na budowę zestawu. Próby wypadły pomyślnie i w lipcu 1943 r. zamówiono pierwsze 15 zestawów. Znane są następujące wersje:
- Mistel S1- wersja szkolna, składająca j się z Messerschmitt Bf-109F-4 i Ju-88 A-4. W bombowcu znajdowała się dwuosobowa załoga, która po odczepieniu myśliwca (przeprowadzeniu lotu treningowego) lądowała na lotnisku,
- Mistel 1- wersja bojowa składająca się z Bf-109F i Ju-88A-4,
- Mistel 3A-S3A- składająca się z Focke-Wulf Fw-190A-6 i Ju-88A-4. Używana tylko do szkolenia. - Mistel 3B- Fw-190A-6 lub A-8 plus Ju-88H-4. Głowica bojowa zawierała ładunek materiału wybuchowego o masie 1500 kg. Samoloty myśliwskie Ju-88C i G były również używane jako samoloty niszczycielskie w zespole Mistel. - Mistel 1- Ju-88C-6 plus Bf-109F,
- Mistel 2- Ju-88G-l plus Fw-190A-8 (wg [3]- lub Fw-190A-6),
- Mistel S2- wersja szkolna,
- Mistel 3B- zespół składający się z Ju-88H-4 oraz myśliwca Focke-Wulf Fw-190A-8,
- Mistel 3C i Mistel S3C- Ju-88G-10 plus Fw-190F (wg [3]- Fw-190A-8),
- Mistel 4- złożony z samolotów Ju-88G-7 i Focke-Wulf Ta-152H,
- opracowano również wariant pełniący rolę bombowca naprowadzającego dalekiego zasięgu i złożony z Ju-88H-4 oraz Fw-190A-8. Dolny składnik zestawu posiadał zamiast głowicy bojowej normalną kabinę dla trzyosobowej załogi. Wyposażono go również w radar i pojedynczy ruchomy karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm na tylnym górnym stanowisku strzeleckim.

Ogółem powstało ponad 250 zestawów Mistel. Pierwsza akcja bojowa została przeprowadzona 24.06.1944 r. W grudniu 1944 r. zamierzano użyć 60 Misteli do ataku na okręty Royal Navy bazujące w Scapa Flow. Operacja ta nie doszła jednak do skutku. W styczniu 1945 r. opracowany został projekt operacji, której celem miało być zbombardowanie z użyciem Misteli zakładów produkcji zbrojeniowej położonych w głębi ZSRR. Również i ona nie doszła do skutku. Najefektywniejsze użycie Misteli miało miejsce przeciwko mostom na Odrze i Nysie. Pierwszy nalot odbył się 8.03.1945 r.

Pierwsza jednostka otrzymała rozpoznawcze Ju-88D latem 1940 r. W chwili rozpoczęcia Bitwy o Wielką Brytanie Ju-88D-2 trafiły do większości jednostek dalekiego rozpoznania. Od listopada 1940 r. wykonywały loty bojowe w basenie Morza Śródziemnego, m.in. nad Maltą i Północną Afryką. W 1941 r. Ju-88D trafiły do jednostek rozpoznawczych we Francji, na Sycylii i w Norwegii. W kwietniu 1941 r. samoloty rozpoznawcze Ju-88D były używane podczas kampanii bałkańskiej w działaniach przeciwko Jugosławii i Grecji. Od 22.06.1941 r. brały natomiast udział w walkach na froncie wschodnim przeciwko ZSRR. Samoloty stacjonujące w Francji, wykonywały loty ofensywne nad Atlantykiem. Niewielkie ilości Ju-88D były używane w lotnictwie węgierskim i rumuńskim. W 1944 r. samoloty Ju-88D były zastępowane przez nowa wersję Ju-88T, które były używane do końca wojny.

Pierwsza jednostka Luftwaffe otrzymała samoloty Ju-88S w 1944 r. Uczestniczyły one w 1944 r. w nocnych atakach na miasta we wschodniej Anglii. Uczestniczyły również w nocnych nalotach na froncie wschodnim.

Wiosna 1940 r. w KG 30 powstał dywizjon ciężkich myśliwców), pierwsza jednostka wyposażona w Ju-88C-2. W lipcu 1940 r. były używane w nocnych lotach ofensywnych nad Wielką Brytanią. Od października 1940 r. podstawowym zadaniem stała się obrona miast przed atakami bombowców RAF. Od grudnia 1940 r. operowały z Sycylii, wykonując zadania bojowe nad Morzem Śródziemnym i Północną Afryką. Pierwszą jednostką, jaką przezbrojono w Ju-88C-6 była NJG 2. Myśliwskie Ju-88C-6 służyły w wydzielonych eskadrach KG 3, 30, 51, 53, 55, 76 i 77. Używane były m.in. do zwalczania alianckich samolotów morskich nad Zatoką Biskajską. Ju-88C-6 w wersji nocnego myśliwca znajdowały się na wyposażeniu pułków nocnych myśliwców stacjonujących w Belgii, Holandii i Niemczech, na Sycylii (i przez krótki okres w Afryce Północnej) oraz walczących na froncie wschodnim. Jednym z najbardziej spektakularnych sukcesów Ju-88C-6 było zestrzelenie około 50% z pośród 97 bombowców RAF podczas nalotu na Norymbergę w nocy 30/31.03.1944 r. Na froncie wschodnim Ju-88C-6 były używane w odmienny sposób niż na zachodzie Europy. W Rosji służyły głównie do swobodnego przechwytywania nadlatujących (często pojedynczo) radzieckich nocnych bombowców (Polikarpow Po-2, Jak-6, Pe-8, Archangielski SB-2).

Samoloty Ju-88G używane były jako samoloty naprowadzające samoloty myśliwskie w czasie ataku na lotniska alianckie w styczniu 1945 r. Pod koniec wojny Ju-88G uzbrojone w bomby atakowały jednostki radzieckie na froncie wschodnim. Ostami akcja bojowa miała miejsce 9 maja 1945 r. kiedy to atakowano czołgi radzieckie koło Drezna.

Samoloty Ju-88P-2 i P-4 były używane do nocnych ataków szturmowych (front wschodni). Samoloty rozpoznawcze dalekiego zasięgu Ju-88H-1 znajdowały się na wyposażeniu 3.(F)/123, stacjonującej w Rennes, Cognac i Lorient.

W Polsce.

W sierpniu 1945 r. Polacy przejęli teren byłej szkoły szybowcowej Luftwaffe w Ligotce Dolnej na Śląsku Opolskim. W styczniu 1945 r. w okolicy prowadzono ciężkie walki z udziałem lotnictwa. Wszędzie znajdowały się ślady wojny w postaci zniszczonych samolotów niemieckich: Junkers Ju-88 z silnikami rzędowymi, Junkers Ju-88 z silnikami gwiazdowymi, Henschel Hs-129, Messerschmitt Bf-109, Focke-Wulf Fw-190 i Junkers Ju-52.

Natomiast chłodnica silnika z samolotu Junkers Ju-88 została użyta w budowie pierwszego polskiego śmigłowca BŻ-1 ”Gil”, oblatanego w 1950 r.

Konstrukcja.
Dolnopłat o konstrukcji metalowej. Załoga- 3 lub 4 osoby.

Uzbrojenie:
- Ju-88C-4- 1 karabin maszynowy MG 15 kal. 7,92 mm, 1 działko MG FF kal. 20 mm, 3 karabiny maszynowe MG 17 kal. 7,92 mm,
- Ju-88C-6- 3 karabiny maszynowe MG 81Z kal. 7,92 mm, 3 karabiny maszynowe MG 17 kal. 7,92 mm, 3 działka MG 151/20 kal. 20 mm,
- Ju-88C-6c- 3 karabiny maszynowe MG 17 kal. 7,92 mm i 3 działka MG FF/M kal. 20 mm z przodu kadłuba, 1 ruchomy strzelający do tyłu karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm, 2 działka MG 151 kal. 20 mm umieszczone w kadłubie w systemie Schräge Musik (działka nachylone pod kątem 70-80° umożliwiały atak z dolnej półsfery),
- Ju-88D-1- 3 karabiny maszynowe MG 15 kal. 7,92 mm,
- Ju-88D-5- 2 karabiny maszynowe MG 17 kal. 7,92 mm,
- Ju-88R-2- 4 działka MG 151/20 kal. 20 mm, 1 karabin maszynowy MG 81Z kal. 7,92 mm,
- Ju-88G-1, G-6, G-7- 6 działek MG 151/20 kal. 20 mm, 1 karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm (wg [3]- 4 działka MG 151/20 kal. 20 mm w wannie podkadłubowej oraz czasami 2 działka MG 151 kal. 20 mm umieszczone w kadłubie w systemie Schräge Musik oraz 1 ruchomy strzelający do tyłu karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm),
- Ju-88S-1- 1 ruchomy strzelający do tyłu karabin maszynowy MG 131 kal. 13 mm. Udźwig bomb- 2000 kg,
- Ju-88H-1- 2 karabiny maszynowe MG 131 kal. 13 mm.
Zobacz również historia rozwoju konstrukcji.

Wyposażenie: instalacja hydrauliczna, instalacja elektryczna, instalacja tlenowa.
Wyposażenie radiowe:
- C-4, C-6, D-1, P-4- FuG-16, FuG-25,
- Ju-88D-5- FuG-16, FuG-25, FuG-200, trzy kamery Rb,
- Ju-88R-2, G-1- FuG-220,
- Ju-88G-6- FuG-220, FuG-227,
- Ju-88G-7- FuG-220, FuG-228 ewentualnie FuG-240,
- Ju-88H-1- FuG-200, trzy kamery Rb.
Zobacz również- historia rozwoju konstrukcji.

Napęd- 2 silniki:
- Ju-88C-4- rzędowe Junkers Jumo 211F o mocy startowej 1045 kW (1420 KM) każdy,
- Ju-88A-5- rzędowe Junkers Jumo 211G-1 o mocy startowej 884 kW (1200 KM) każdy,
- Ju-88D-1, P-4- rzędowe Junkers Jumo 211B o mocy startowej 865 kW (1175 KM) każdy,
- Ju-88D-5- rzędowe Junkers Jumo 211J o mocy startowej 865 kW (1175 KM) każdy,
- Ju-88R-2, G-1, H-1- gwiazdowe BMW 801D-2 o mocy startowej 1251 kW (1700 KM) każdy,
- Ju-88G-6- rzędowe Junkers Jumo 211A o mocy startowej 1288 kW (1750 KM) każdy.

Dane techniczne (wg [4]):

Inne wersje:
Junkers Ju-88