W początkach lat 1930-tych zaczęta rozwijać się ścisła współpraca pomiędzy organami utajnionego lotnictwa wojskowego Niemiec oraz przedstawicielami niemieckich linii lotniczych Deutsche Lufthansa. We wspólnym interesie zarówno lotnictwa wojskowego jak i cywilnego leżał rozwój rodzimych konstrukcji, które mogły być użytkowane jako samoloty pasażerskie, a po niewielkich przeróbkach także jako maszyny bojowe. W 1933 r. C-Amt (Wydział Techniczny) rozpoczął wspólnie z Deutsche Lufthansa działania zmierzające do zamówienia w jednej z niemieckich firm lotniczych nowoczesnego dwusilnikowego samolotu, który mógłby być używany jako samolot komunikacyjny oraz średni bombowiec. W 1934 r. założenia konstrukcyjne wysłane zostały do firm Junkers oraz Heinkel. Projekty samolotów otrzymały oznaczenie Junkers Ju-86 oraz Heinkel He-111. Wiosną 1934 r. obie firmy otrzymały zamówienie na pięć prototypów każdej z konstrukcji. Pierwszy, trzeci i piąty prototyp miał być w obu przypadkach samolotem w wersji bombowej, natomiast drugi i czwarty w wersji cywilnej.

Pierwszy prototyp Ju-86ab1 (później Ju-86 V1) został oblatany 4.11.1934 r. Jego napęd stanowić miały silniki wysokoprężne Junkers Jumo 205, jednak z uwagi na przeciągające się prace nad ich dopracowaniem otrzymał silniki gwiazdowe Siemens SAM 22. Początkowo samolot latał bez uzbrojenia. Pierwsze loty wykazały wiele usterek nowego samolotu. Prototyp zwrócony został do zakładów, celem przeprowadzenia modyfikacji i dodania stanowisk strzeleckich. Stanowiska strzeleckie oraz oszklony przód kadłuba zainstalowano również w prototypie Ju-86bc (później Ju-86 V3). Był oficjalnie trzecim prototypem, oblatano go faktycznie jako drugi samolot Ju-86 w styczniu 1935 r. Początkowo otrzymał silniki SAM 22, które później wymieniono na Jumo 205C. W dniu 4.04.1935 r. został oblatany drugi prototyp Ju 86ba1 (później Ju-86 V2), wyposażony w silniki Jumo 205C. Był to pierwszy prototyp wersji komunikacyjnej, załoga- 3 osoby, zabierał 10 pasażerów. Drugi prototyp samolotu pasażerskiego Ju-86 V4 był wzorcem wersji komunikacyjnej Ju-86B, oblatany został w maju 1935 r. W sierpniu 1935 r. został oblatany prototyp bombowca Ju-86 V5, który był maszyną wzorcową wersji Ju-86A.

W wyniku dalszego rozwoju konstrukcji powstało wiele wersji i wariantów:
- Ju-86A-0- samoloty przedseryjne, wersja bombowa napędzana silnikami Jumo 205C-4 o mocy 435 kW (592 KM). Rozpoczęcie produkcji w końcu 1935 r. Początkowo zbudowano 12 egz. kolejna seria 30 egz. przeznaczona została do użytku jako samoloty eksperymentalne. Kilka maszyn z tej serii wykończono faktycznie jako Ju-86B-0,
- Ju-86A-1- pierwsza seryjna wersja bombowa, dostarczona w początkach lata 1936 r.,
- Ju-86B-0- samoloty przedseryjne, wersja komunikacyjna. Pierwszy samolot dostarczony został w sierpniu 1936 r. Zbudowano 8 egz.,
- Ju-86Z-1- eksportowa wersja komunikacyjna wyposażona w silniki Junkers Jumo,
- Ju-86Z-2- eksportowa wersja komunikacyjna wyposażona w silniki gwiazdowe BMW 132Dc,
- Ju-86C- wersja pasażerska, 1937 r., zbudowano 6 egz., w tym 1 egz. w wariancie Ju-86C-0 i 5 egz. Ju-86C-1,
- Ju-86D-1- wersja bombowa, 1939 r., napędzana silnikami Jumo 205C.

Pierwsze samoloty bombowe Ju-86A-0 zostały przekazane Luftwaffe na początku 1936 r. Pierwsza seryjna wersja bombowa Ju-86A-1 trafiła do Luftwaffe w początkach lata 1936 r., natomiast samoloty Ju-86D-1 zostały po raz pierwszy pokazane publicznie w październiku 1936 r. W lutym 1937 r. cztery samoloty Ju-86D-1 (później doszedł jeszcze jeden) wysłane zostały do ogarniętej wojną domową Hiszpanii. Jesienią 1937 r. ocalałe dwa przekazane zostały nacjonalistycznemu lotnictwu Hiszpanii. Działania bojowe w Hiszpanii wykazały nieprzydatność silników wysokoprężnych Jumo 205C do napędzania samolotów bombowych. Doprowadziło to do zmniejszenia zamówień na ten typ samolotu ze strony niemieckiego lotnictwa wojskowego.

Biuro konstrukcyjne firmy Junkers rozpoczęło prace nad zastosowaniem w Ju-86 silników gwiazdowych: BMW 132Dc, Bristol ”Pegasus”, Gnôme-Rhône ”Mistral 9K” i Pratt & Whitney ”Hornet” S1E-G:
- Ju-86 V8- prototyp, silniki Pratt & Whitney ”Hornet” S1E-G, rozpoczął próby w locie w 1937 r.,
- Ju-86 V9- prototyp wyposażony w silniki BMW 132F.
- Ju-86 A-K1- jeden samolot wyposażony w silniki Pratt & Whitney ”Hornet” S1E-G zbudowany na zamówienie Szwecji, dostarczony w grudniu 1936 r.,
- Ju-86K-1- dwa samoloty zbudowane na zamówienie Szwecji (oznaczone tam jako B 3),
- Ju-86K-4- samoloty bombowe budowane dla Szwecji (B 3A). Napędzane silnikami gwiazdowymi Bristol ”Pegasus III” o mocy max 603 kW (820 KM), produkowane jako My III na licencji w szwedzkich zakładach Nohab Flymotorfabriker. Zbudowano 20 egz. Później w zakładach SAAB zmodyfikowano wszystkie Ju-86K-4 (B 3A), otrzymały silniki ”Pegasus XXIV”. Oznaczenie zmieniono na B 3C-2,
- Ju-86K-5- samoloty bombowe budowane dla Szwecji (B 3B). Napędzane, również budowanymi w firmie Nohab, silnikami Bristol ”Pegasus XII” (My XII). Zbudowano 17 egz.,
- Ju-86K-13- wersja bombowa, budowana na licencji w Szwecji w firmie Svenska Aeroplan Aktiebolaget (SAAB). W latach 1939-1941 zbudowano 16 egz. oznaczonych jako B 3C (z planowanych 40 egz.). Otrzymały wytwarzane na licencji w Szwecji silniki Bristol ”Pegasus XXIV” (My XXIV) o mocy max 720 kW (980 KM). W 1941 r. Szwedzi zakupili polskie silniki ”Pegasus XIX” o mocy max 614 kW (835 KM) i samoloty B3C zostały zmodyfikowane i otrzymały oznaczenie B 3D,
- Ju-86Z-7- wersja wyposażona w silniki Pratt & Whitney ”Hornet” S1E-G,
- Ju-86 V7- prototyp wyposażony w silniki rzędowe Rolls-Royce ”Kestrel XVI” o mocy startowej 548 kW (745 KM ),
- Ju-86Z-3- wersja seryjna wyposażona w silniki Rolls-Royce ”Kestrel XVI”,
- Ju-86K-6- wersja wyposażona w silniki Pratt & Whitney ”Hornet”,
- Ju-86K-9- wersja bombowa budowana na zamówienie Węgier,
- Ju-86E-1- wersja bombowa budowana Luftwaffe, silniki BMW 132F o mocy startowej 588 kW (799 KM) i mocy max 471 kW (641 KM). Zbudowano ok. 30 egz.,
- Ju-86E-2- wersja bombowa wyposażona w silniki BMW 132N o mocy startowej 627 kW (853 KM) i mocy max 500 kW (680 KM),
- Ju-86 V10- prototyp wyposażony w całkowicie oszklony przód kadłuba z pojedynczym, ruchomym karabinem maszynowym MG 15 kal. 7,92 mm,
- Ju-86G-1- wersja bombowa, pochodna prototypu V10, z całkowicie oszklonym nosem oraz wyposażeniem do lotów bez widoczności ziemi. Produkowana od lata 1938 r. Wyprodukowano ok. 40 egz.
Łącznie zbudowano 390 samolotów Junkers Ju-86.

We wrześniu 1938 r. Luftwaffe posiadała 235 maszyn Ju-86 wszystkich wersji ( 159 Ju-86A i D, 43 Ju-86E i 33 Ju-86G). W chwili rozpoczęcia II wojny światowej w pierwszej linii pozostało już tylko ok. 30 samolotów Ju-86G-1. Samoloty napędzane silnikami BMW 132 przekazano do jednostek szkolno-treningowych. W końcu 1942 r., w związku z kryzysem stalingradzkim, część samolotów wycofano ze szkół lotniczych i skierowano do zadań transportowych. Ocalałe 16 Ju-86 przekazano z powrotem do szkół lotniczych. W latach 1943-1944 operowały jako pomocnicze bombowce w walkach przeciwpartyzanckich na Bałkanach.

Firma Junkers opracowała kilka wersji wysokościowych samolotów rozpoznawczych. Projekt oznaczono jako Ju-86H. Zamówione trzy prototypy otrzymały jednak oznaczenie Ju-86P. Jako prototypy wykorzystane zostały płatowce Ju-86D, w których usunięto grzbietowe i dolne stanowisko strzeleckie oraz zainstalowano nową dwumiejscową kabinę ciśnieniową. Napęd stanowiły silniki wysokoprężne Junkers Jumo 207A-1 o mocy startowej 725 kW (986 KM). Pierwszy prototyp Ju-86P V1 oblatany został 14.02.1940 r. W lutym 1940 r. ukończony został również drugi prototyp. Podczas prób osiągnięto wysokość lotu przekraczającą nieco 9000 m. Prototyp Ju-86P V4 otrzymał skrzydła o rozpiętości 25,6 m, zamiast dotychczasowych 22,5 m. Dzięki temu możliwe było osiągnięcie pułapu 12100 m. Do połowy 1940 r. wyprodukowanych zostało 8 samolotów Ju-86P, które służyły jako maszyny doświadczalne. Następnie zamówiono przebudowę 40 płatowców Ju-86D na wersję wysokościową Ju-86P. Pprodukowane były w dwóch odmianach: Ju-86P-1- wysokościowy bombowiec zdolny do przenoszenia 1000 kg bomb oraz Ju-86P-2- wysokościowy samolot rozpoznawczy wyposażony w trzy automatyczne kamery. Samoloty Ju-86P operowały z dużymi sukcesami nad Wielką Brytanią, ZSRR i Egiptem.

Gdy stało się jasne, że nowe wersje myśliwców alianckich zdolne są do osiągania pułapu na którym operowały Ju-86P, została opracowana wersja Ju-86R. Rozpiętość skrzydeł wzrosła do 32,0 m, napęd tworzyły silniki Jumo 207B-3 o mocy startowej 735 kW (1000 KM). Niewielką liczbę samolotów Ju-86P-1 przebudowano na wersję Ju-86R-2 (bombowiec wysokościowy) a samoloty Ju-86P-2 stały się, po przeróbkach, wariantem Ju-86R-1 (wysokościowy samolot rozpoznawczy). Samoloty mogły operować do wysokości 14400 m. W sierpniu 1942 r. samoloty te dokonały pierwszych nalotów na miasta brytyjskie. Samoloty Ju-86R używane były do lutego 1944 r.

Powstał również projekt wersji Ju-86R-3, który osiągać miał pułap 16000 m. Miał być napędzany silnikami Jumo 208 o mocy startowej 1103 kW (1500 KM) i mocy max 809 kW (1100 KM). Rezygnacja z rozwoju tego silnika spowodowała również zarzucenie planów produkcji wariantu Ju-86R-3. Rozważano też podjęcie produkcji samolotu Junkers Ju-186, który miał posiadać kadłub Ju-86P, stałe podwozie, nowe skrzydła oraz napęd złożony z czterech silników Jumo 208 albo dwóch silników Jumo 218 (zdwojone silniki Jumo 208).

Samoloty Junkers Ju-86 używane były również w:
- Austrii- w 1937 r. zamówiono 18 bombowców Ju-86E-2. Przed przyłączeniem Austrii do Rzeszy dostarczono tylko 3 egz.,
- Australii- 1 egz. Ju-86Z-1 użytkowały linie lotnicze Airlines of Australia,
- Boliwii- linie lotnicze Lloyd Aereo Boliviano zakupiły 3 egz. Ju-86Z-7. W 1941 r. przejęte zostały przez boliwijskie lotnictwo wojskowe,
- Chile- w 1937 r. dostarczono 3 egz. Ju-86Z-1,
- Hiszpanii- jesienią 1937 r. dwa samoloty Ju-86D-1 otrzymało nacjonalistyczne lotnictwo Hiszpanii. Od sierpnia 1938 r. wykonywały loty bojowe przeciwko wojskom republikańskim. Po zakończeniu walk w Hiszpanii służyły następnie w lotnictwie tego państwa przez kilka lat,
- Japonii- 12 samolotów Ju-86Z-2 zakupił marionetkowy rząd Mandżukuo dla Mandżurskiej Kompanii Lotniczej w Mukdenie,
- Południowej Afryki- w 1936 r. towarzystwo lotnicze South African Airways otrzymało 3 egz. Ju-86Z-3. W sumie otrzymało 17 egz. Ju-86Z-7 (w tym przebudowane, poprzez zmianę silnika na tę wersję Ju-86Z-3). Dodatkowo rząd zakupił 1 egz. Ju-86K-1 dla przeprowadzenia prób jego przydatności w lotnictwie wojskowym. W chwili wybuchu II wojny światowej wszystkie 18 Ju-86 przejętych zostało przez SAAF. Wykonywały głównie patrole przybrzeżne i przeciwpodwodne. Od czerwca 1940 r. do września 1942 r. prowadziły działania przeciwko wojskom włoskim w Etiopii i Somalii,
- Portugalii- w 1937 r. lotnictwo wojskowe otrzymało 10 egz. Ju-86K-6,
- Szwajcarii- m.in. linie lotnicze Swissair (Ju-86B-0, Ju-86Z-1, Ju-86Z-2),
- Szwecji- lotnictwo wojskowe używało łącznie 56 samolotów różnych wersji, w latach 1937-1944 jako samoloty bombowe, a następnie do 1948 r. jako maszyny bombowo-torpedowe. Jeden z nich służył później jako samolot treningowy dla załóg nocnych myśliwców. Wyposażono go w instalację radarową pochodzącą z myśliwca De Havilland DH-98 ”Mosquito” NF Mk.XIX. Pozostałe Ju-86 przebudowano po 1948 r. na samoloty pasażerskie (12 pasażerów), latały do 1956 r. Jeden Ju-86Z-7 dostarczony został w 1938 r. do szwedzkich linii lotniczych AB Aerotransport. W 1940 r. przejęło go szwedzkie lotnictwo wojskowe, które użytkowało go jako samolot transportowy do 1958 r. Był to najdłużej latający egzemplarz Ju-86,
- Węgier- lotnictwo wojskowe złożyło w 1936 r. zamówienie na 24 samoloty Ju 86K-9. Zamówienie powiększono do 66 egz. Pierwsze samoloty dostarczono w 1938 r. W marcu 1939 r. uczestniczyły w konflikcie zbrojnym ze Słowacją na terenie Rusi Zakarpackiej. Po wypowiedzeniu przez Węgry wojny ZSRR 27.06.1941 r. uczestniczyły w niej też samoloty Ju-86K-9. Ich udział w walkach na froncie wschodnim zakończył się z początkiem 1942 r.

W Polsce.

Podczas II wojny światowej polscy piloci ferry latający w Afryce, drogę powrotną z północy na południe Afryki (po dostarczeniu samolotów) odbywali grupowo m.in. na pokładach samolotów wojskowych Junkers Ju-86Z lotnictwa Unii Południowoafrykańskiej - South African Air Forces.

Konstrukcja:
Dolnopłat o konstrukcji metalowej. Załoga w wersjach wojskowych- 4 osoby, wersje wysokościowe- 2 osoby. Załoga w wersji pasażerskiej- 3 osoby, pasażerów- 10.
Kadłub o przekroju owalnym. Pokryty gładką blachą duralową.

Uzbrojenie:
- Ju-86A-0- 3 ruchome karabiny maszynowe MG 15 kal. 7,92 mm umieszczone po jednym w nosie maszyny, w częściowo odkrytym stanowisku na kadłubie oraz w wysuwanej gondoli pod kadłubem. Udźwig bomb- 1000 kg,
- Ju-86D-1, Ju-86E-1- 3 ruchome karabiny maszynowe MG 15 kal. 7,92 mm umieszczone po jednym w nosie maszyny i pod kadłubem. Udźwig bomb- 1000 kg,
- Ju-86P-1- 1 zdalnie sterowany karabiny maszynowe MG 17 kal. 7,92 mm strzelający do tyłu. Udźwig bomb- 1000 kg.
Uzbrojenie innych wersji i wariantów- patrz historia rozwoju konstrukcji.

Napęd- 2 silniki:
- Ju-86D-1- wysokoprężne Junkers Jumo 205C-4 o mocy startowej 441 kW (600 KM) każdy,
- Ju-86E-1- gwiazdowe BMW 132F o mocy startowej 596 kW (810 KM) i mocy max 478 kW (650 KM) każdy,
- Ju-86P-1- wysokoprężne Junkers Jumo 207A-1 o mocy startowej 698 kW (950 KM) i mocy max 500 kW (680 KM) każdy.
Napęd innych wersji i wariantów- patrz historia rozwoju konstrukcji.

Dane techniczne Ju-86D-1 (wg [2]):
Rozpiętość- 22,5 m, długość- 17,86 m, wysokość- 4,7 m.
Masa własna- 5800 kg, masa całkowita- 8000 kg.
Prędkość max- 325 km/h, prędkość przelotowa- 285 km/h, prędkość lądowania- 98 km/h, pułap- 5900 m, zasięg- 1500 km.

Dane techniczne Ju-86E-1 (wg [2]):
Rozpiętość- 22,5 m, długość- 17,86 m, wysokość- 4,7 m.
Masa całkowita- 8200 kg.
Prędkość max- 360 km/h, prędkość przelotowa- 315 km/h, pułap- 7500 m, zasięg- 1350 km.

Dane techniczne Ju-86P-1 (wg [2]):
Rozpiętość- 25,6 m, długość- 16,46 m, wysokość- 4,08 m.
Masa własna- 7035 kg, masa całkowita- 8000 kg.
Prędkość max- 400 km/h, prędkość przelotowa- 375 km/h, czas wznoszenia na 2000 m- 3' 48", czas wznoszenia na 10000 m- 54', pułap praktyczny- 12000 m, pułap teoretyczny- 13800 m, zasięg- 1040 km, zasięg max- 1750 km.